90年代末至新世纪初，高等教育大众化进程加速，高校扩招吸收了一大批考生，再加上其他开放式高等教育形式也吸引了一批高考落榜生，高等教育自学考试的参考人数出现了下滑的局面。在这种情况下，自学考试参考人员的结构出现了3个变化。
第一是大量高校在校生参加自学考试，希望获得本科文凭或第二专业文凭。目前，在每年近1300万的考生中，具有高中及高中以上文化程度的考生占97%。
在2000年全国自考生中，高中及高中以上文化程度的考生占29%，专科以上学历的考生占28%，到2002年年底，这两组数宇分别为20%和40%。这两组数字的变化说明了自学考试的工作重点和发展方向出现了新的变化。
第二是非学历证书考试趋热。随着人事制度改革和劳动用工制度的变化，用人单位已不仅仅注重招聘人才的学历要求，更看重他们的实际能力。因此提升职业能力、提高自身文化素质越来越受重视，这就是各种职业资格考试、非学历证书考试居高不下的原因。
拿全国计算机等级考试来说，一开始有50万人参加，后来到60万人、80万人，2004年一下子猛增到近250万人。全国英语等级考试也发展很快，2003年仅山东一个省就上升7万人。其他如电子商务、中英合作商务管理、金融管理、剑桥少儿英语等参考人数都增长很快。
第三是农村对自学考试的迫切需求。高等教育自学考试面向农村，并不等同于或者局限于针对农民开展单纯的学历教育，或者进行一家一户式的种植技能、养殖技能培训等。
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